Mengikut sejarah, pendidikan agama Islam di negeri Kelantan dikesan bermula pada akhir abad ke sembilan belas lagi di mana beberapa golongan ulama berperanan menyebar ilmu agama secara pondok di seluruh negeri Kelantan. Pendidikan agama secara formal bermula apabila Majlis Agama Islam dan Istiadat Melayu Kelantan (MAIK) menubuh Sekolah Agama/Arab pertama pada 1 April 1937 dikenali sebagai Al-Madrasah Al-Muhammadiah Al-Arabiah.

 

Bermula dari sini pendidikan agama telah berkembang dengan pesatnya di mana beberapa buah lagi sekolah agama seumpama itu ditubuhkan. Sambutan yang amat menggalakkan ini bukan sahaja dari anak-anak tempatan malah terdapat ramai para pelajar dari negeri-negeri di semenanjung telah datang untuk belajar di sini. Sambutan seumpama ini juga telah juga mendorong individu tempatan membina sekolah agama rakyat.

 

Selaras dengan perkembangan pesat sekolah ini khususnya selepas merdeka, Pihak MAIK telah menyerahkan pengurusan dan pengelolaan sekolah-sekolah ini kepada Kerajaan Negeri yang berjumlah  6 buah kesemuanya. Sekolah-sekolah tersebut ialah Maahad Muhammadi, Maahad Yaakubiah Nipah, Maahad Amir Indera Petra, Maahad Muhammadi Pasir Mas, Maahad Muhammadi Pasir Pekan dan Maahad Syamsul Maarif, Pulai Chondong.

 

Dengan penyerahan sekolah ini, Kerajaan Negeri telah menubuhkan Jabatan Sekolah-Sekolah Agama (JASA) pada 1 Julai 1974. Di samping itu pihak Kerajaan Negeri juga mengambil alih sekolah-sekolah agama bantuan (rakyat) yang berjumlah 100 buah waktu itu, bagi menjamin sistem pendidikan dan pengurusan sekolah-sekolah tersebut berjalan dengan baik dan sempurna. Pada 1 Jun 1979 JASA diubah   menjadi Yayasan Pelajaran Islam Negeri Kelantan (YPINK) dan Yayasan Islam Kelantan (YIK)  pada 1 Mac 1983.